Yap meninggal pada tahun 1902 dan dikenang sebagai seorang yang sangat dihormati masyarakat pemimpin yang sangat prihatin dengan kebajikan dari orang-orang di kemudian Malaya dan amal inisiatif. Selepas kematiannya pada tahun 1902, kedudukan Kapitan Cina telah dihapuskan.

Jalan utama di tengah-tengah Kuala Lumpur dipanggil Jalan Yap Kwan Seng dekat dunia-terkenal DEALS dinamakan dalam kehormatan. Jalan Sin Mengunyah Kee, yang terletak di luar Jalan Kota, juga bernama dalam kehormatan selepas beliau timah usaha pertambangan.